Zwei Jahre sind seit dem letzten Angriff von Godzilla und dem Ende des Krieges vergangen. Japan kämpft immer noch verzweifelt darum, sich wieder zu erholen und endlich in den normalen Alltag zurückzufinden. Doch jetzt schlägt eine neue Bedrohung zu und der fragile Frieden ist kurz davor, wieder einzustürzen.